*1340 – Vnútrozemské slaniská a slané lúky (Sl1), Karpatské travertínové slaniská (Sl2)
*1530 – Panónske slané stepi a slaniská (Sl3)
*2340 – Vnútrozemské panónske pieskové duny (Pi1)
3130 – Oligotrofné až mezotrofné stojaté vody s vegetáciou tried Littorelletea uniflorae a/alebo Isöeto-Nanojunctea (Vo1)
3140 – Oligotrofné až mezotrofné vody s bentickou vegetáciou chár (Vo5)
3160 – Prirodzené dystrofné stojaté vody (Vo3)
3220 – Horské vodné toky a bylinné porasty pozdĺž ich brehov (Br2)
3230 – Horské vodné toky a ich drevinová vegetácia s myrikovkou nemeckou (Myricaria germanika) (Br3)
3240 – Horské vodné toky a ich drevinová vegetácia s vŕbou sivou (Salix elaeagnos) (Br4)
3260 – Nížinné až horské vodné toky s vegetáciou zväzu Ranunculion fluitantis a Callitricho-Batrachion (Vo4)
3270 – Rieky s bahnitými až piesočnatými brehmi s vegetáciou zväzov Chenopodion rubri p.p a Bidention p.p. (Br5)
4030 – Vresoviská (Kr1)
4060 – Vresoviská a spoločenstvá kríčkov v subalpínskom a alpínskom stupni (Al9)
*4070 – Kosodrevina (Kr10)
4080 – Spoločenstvá subalpínskych krovín (Kr4), Nízke subalpínske kroviny (Kr5)
*40A0 – Xerotermné kroviny (Kr6)
5130 – Porasty borievky obyčajnej (Kr2)
*6110 – Pionierske porasty zväzu Alysso-Sedion albi na plytkých karbonátových a bázických substrátoch (Pi5)
*6120 – Suchomilné travinno-bylinné porasty na vápnitých pieskoch (Pi2)
6150 – Alpínske travinno-bylinné porasty na silikátovom podklade (Al1), Alpínske snehové výležiská na silikátovom podklade (Al2)
6170 – Alpínske a subalpínske vápnomilné travinno-bylinné porasty (Al3) , Alpínske snehové výležiská na vápnitom podklade (Al4)
6190 – Suché a dealpínske travinno-bylinné porasty (Tr5)
6210 – Suchomilné travinno-bylinné a krovinové porasty na vápnitom substráte (Tr1)
*6210 – Suchomilné travinno-bylinné a krovinové porasty na vápnitom substráte s významným výskytom druhov čeľade Orchidaceae (Tr1.1)
*6230 – Kvetnaté vysokohorské a horské psicové porasty na silikátovom substráte (Tr8)
*6240 – Subpanónske travinno-bylinné porasty (Tr2)
*6250 – Panónske travinno-bylinné porasty na spraši (Tr3)
*6260 – Panónske travinno-bylinné porasty na pieskoch (Tr4)
6410 – Bezkolencové lúky (Lk4)
6430 – Brehové porasty deväťsilov (Br6), Bylinné lemové spoločenstvá nížinných riek (Br4), Vysokobylinné spoločenstvá alpínskeho stupňa (Al5), Vysokobylinné spoločenstvá na vlhkých lúkach (Lk5)
6440 – Aluviálne lúky zväzu Cnidion venosi (Lk8)
6510 – Nížinné a podhorské kosné lúky (Lk1)
6520 – Horské kosné lúky (Lk2)
*7110 – Aktívne vrchoviská (Ra1)
7120 – Degradované vrchoviská schopné prirodzenej obnovy (Ra2)
7140 – Prechodné rašeliniská a trasoviská (Ra3)
7150 – Depresie na rašelinných substrátoch s Rhynchospora alba (Ra4)
*7210 – Vápnité slatiny s maricou pílkatou a druhmi zväzu Caricion davallianae (Ra5)
*7220 – Penovcové prameniská (Pr3)
7230 – Slatiny s vysokým obsahom báz (Ra6)
8110 – Silikátové sutiny v montánnom až alpínskom stupni (Sk3)
8120 – Karbonátové sutiny v montánnom až alpínskom stupni (Sk4)
8150 – Nespevnené silikátové sutiny v kolínnom stupni (Sk5)
*8160 – Nespevnené karbonátové skalné sutiny v montánnom až kolínnom stupni (Sk6)
8210 – Karbonátové skalné steny so štrbinovou vegetáciou (Sk1)
8220 – Silikátové skalné steny so štrbinovou vegetáciou (Sk2)
8230 – Pionierske spoločenstvá plytkých silikátových pôd (Pi4)
8310 – Nesprístupnené jaskynné útvary (Sk8)
9110 – Kyslomilné bukové lesy (Ls5.2)
9130 – Bukové a jedľovo-bukové kvetnaté lesy (Ls5.1)
9140 – Javorovo-bukové horské lesy (Ls5.3)
9150 – Vápnomilné bukové lesy (Ls5.4)
9170 – Dubovo-hrabové lesy lipové (Ls2.3.1)
*9180 – Lipovo-javorové sutinové lesy (Ls4)
9190 – Vlhko- a kyslomilné brezovo-dubové lesy (Ls3.6)
*91D0 – Rašeliniskové brezové lesíky (Ls7.1), Rašeliniskové borovicové lesy (Ls7.2), Rašeliniskové smrekové lesy (Ls7.3)
*91E0 – Vŕbovo-topoľové nížinné lužné lesy (Ls1.1), Jaseňovo-jelšové podhorské lužné lesy (Ls1.3), Horské jelšové lužné lesy (Ls1.4)
91F0 – Dubovo-brestovo-jaseňové nížinné lužné lesy (Ls1.2)
*91G0 – Dubovo-hrabové lesy panónske (Ls2.2)
*91H0 – Teplomilné submediteránne dubové lesy (Ls3.1)
*91I0 – Teplomilné ponticko-panónske dubové lesy na spraši a piesku (Ls3.2), Dubové nátržníkové lesy (Ls3.3), Sucho- a kyslomilné dubové lesy (Ls3.5.2)
91M0 – Dubovo-cerové lesy (Ls3.4)
*91N0 – Panónske topoľové lesy s borievkou (Ls10)
91Q0 – Reliktné vápnomilné borovicové a smrekovcové lesy (Ls6.2)
9410 – Dubovo-hrabové lesy lipové (Ls5.3), Smrekové lesy čučoriedkové (Ls9.1), Smrekové lesy vysokobylinné (Ls9.2), Podmáčané smrekové lesy (Ls9.3)
9420 – Smrekovcovo-limbové lesy (Ls9.4)
Prioritné biotopy sú označené *
Hlavný zdroj informácií: www.sopsr.sk