V geomorfologickom celku Čierna hora sa nachádza celkom 98 jaskýň (údaj k 31.12.2017). Z toho v podcelku Bujanovské vrchy je to 24 jaskýň, v podcelku Pokryvy je to 66 jaskýň, v podcelku Sopotnické vrchy sú to 3 jaskyne a v podcelku Hornádske predhorie je to 5 jaskýň.
Podcelok Bujanovské vrchy
Brloh nad Márnicou
Gotická jaskyňa (Zikmundova desiatka, Úkrytová jaskyňa)
Hoľa I (Hoľa veľká)
Hoľa II (Hoľa malá)
Jaskyňa nad výverom 2
Jaskyňa pri Miklušovicach
Klenbová jaskyňa (Zikmundova deviatka, Zadná veľká jaskyňa)
Márnica (Zikmundova päťka)
Neprístupná jaskyňa
Nová galéria (Dziery, Jaskyňa na Čertovíku)
Partizánska jaskyňa
Predná veľká jaskyňa (Zikmundova osmička)
Priechodná jaskyňa
Prievanová jaskyňa I (Zikmundova sedmička)
Prievanová jaskyňa II
Sonda v Humenci-spodná
Zasypaná jaskyňa
Zelená puklinová jaskyňa
Zikmundova dvojka (Zikmundova jaskyňa II.)
Zikmundova jednička (Líščia diera)
Zikmundova šestka (Zikmundova jaskyňa VI)
Zikmundova štvorka (Vozová jaskyňa)
Zikmundova trojka (Zikmundova jaskyňa III)
Zrkadlová diera
Podcelok Pokryvy
Abri oproti Sivcu
Antonova jaskyňa (Malá ružínska jaskyňa)
Bivakový previs
Bloková jaskyňa
Červený komín
Dolná jaskyňa
Dvojvchodová jaskyňa (SR-27)
Dvojvchodová jaskyňa pod Bokšovom
Hadia jaskyňa
Holická jaskyňa
Hradná jaskyňa (Jaskyňa na Hrádku, Jaskyňa v údolí Uhrinče)
Hrebienková jaskyňa
Jaskyňa nad Červeným komínom
Jaskyňa nad Očkom
Jaskyňa nad suťoviskom
Jaskyňa nad výverom 1 (SR-26)
Jaskyňa nad Zákrutovou
Jaskyňa nad železničnou stanicou
Jaskyňa pod Debrami
Jaskyňa pod lipami
Jaskyňa pod Malým hradom
Jaskyňa s úzkym vchodom
Jaskyňa v abri
Jaskyňa v Andrejovej skale I (Andrejova jaskyňa)
Jaskyňa v Andrejovej skale II (Andrejova jaskyňa II)
Komín nad Previsovou jaskyňou
Krížová jaskyňa (Biela skala)
Kysacká jaskyňa (Jaskyňa v lome)
Laciho jaskyňa (Anna Mária)
Laciho jaskyňa II
Malá Antonova jaskyňa
Malá kvapľová jaskyňa (Pivnica)
Malá sokoľská jaskyňa (Jaskyňa pod Bielou skalou)
Malý hrad
Medvedia jaskyňa (Jaskyňa na Vozárskej)
Netopieria jaskyňa (Jaskyňa pod skalným stupňom)
Nová jaskyňa pod Bokšovom
Nová jaskyňa v Medveďom údolí
Novoobjavená jaskyňa (Nová jaskyňa v bočnom Medveďom údolí)
Očko
Okrajová jaskyňa
Pavúčia jaskyňa
Poľudňajšia jaskyňa (SR-28)
Previsová jaskyňa (Kozie rohy)
Priepasť pod Bokšovom
Príkra jaskyňa
Puklina v Medveďom údolí
Puklinová jaskyňa I
Puklinová jaskyňa II
Puklinová jaskyňa pri Medvedej
Ružínske abri
Ružínske okno
Studená jaskyňa (SR-29)
Studňa
Suchá jaskyňa
Šivecká galéria (Šivecká partizánska jaskyňa)
Šivecká malá jaskyňa
Šivecká pekná jaskyňa
Tunel nad vyvieračkou (SR-25)
Veľká jaskyňa nad Suchým vodopádom (Jaskyňa Suchého vodopádu)
Veľká ružínska jaskyňa (Rothova jaskyňa)
Veľká sokoľská jaskyňa (Jaskyňa v Bielej skale)
Veveričkové abri
Výklenková jaskyňa
Zákrutová jaskyňa
Zrútený komín
Podcelok Sopotnické vrchy
Humenecká jaskyňa (Priepasťová jaskyňa v Humenci, Jaskyňa vo Veľkej Lodine, SR-22)
Malá jaskyňa v Humenci (SR-21)
Okno v Humenci (Orlie hniezdo, SR-20)
Podcelok Hornádske predhorie
Dračie oko (Chrasť na Medzi)
Jaskyňa v Dzurovej (Daniská)
Kavečianska jaskyňa (Smetisko, Jaskyňa pri ceste)
Priepasť v Kavečanoch (Priepasť pod cestou)
Zimalová