V geomorfologickom celku Chočské vrchy sa nachádza celkom 93 jaskýň (údaj k 31.12.2017). Z toho v podcelku Choč je to 50 jaskýň, v podcelku Sielnické vrchy je to 5 jaskýň a v podcelku Prosečné je to 38 jaskýň.
Podcelok Choč
Ementálová jaskyňa
Horizontálna jaskyňa za Bralom
Hradištná priepasť 1 (Hradište č.1, H-1)
Hradištná priepasť 2 (Hradište č.2, H-2)
Jaskyňa archeológov (Machová jaskyňa)
Jaskyňa chladných očí
Jaskyňa na Hrádku 1
Jaskyňa na Hrádku 2
Jaskyňa na Hrádku 3 (Jaskyňa pod Hradišťom, Veľký portál)
Jaskyňa na Hrádku 4
Jaskyňa na Hrádku 5
Jaskyňa na Smrekove
Jaskyňa nad Tokárňou
Jaskyňa nad Zábradlím
Jaskyňa pod Chočom
Jaskyňa pod bukom (H-4)
Jaskyňa pod Likavským hradom
Jaskyňa pri Turíku II
Jaskyňa pri Žleboch
Jaskyňa s klátikmi (Drapáč 3)
Jaskyňa v Jazvinách
Jaskyňa v Lopušinách
Jaskyňa v Turíku
Jazvečia priepasť
Kardošova jaskyňa
Karfiolová jaskyňa
Koreňová priepasť (H-6)
Kostrmanka (Kolmá jaskyňa v Choči)
Meandrová jaskyňa na Choči
Medvedí brloh v Lopušinách 2
Medvedí brloh v Lopušinách 3
Medvedí brloh v Lopušinách 4
Medvedí brloh v Lopušinách 5
Medvedí brloh v Lopušinách 6
Mudronka (Jaskyňa v štôlni 2)
Neznáma jaskyňa
Otvor v husliach (Drapáč 2)
Pastierska útulňa
Pivnica (H-7)
Plocha jaskyňa
Premierová jaskyňa (H-3)
Previsová jaskyňa (H-5)
Prieduch pod Otvorom v husliach (Drapáč 4)
Strmý chodník
Štefanková jaskyňa (Jaskyňa v Hacníkove, Jaskyňa pod borovicou)
Štrbina v Choči
Tunelová jaskyňa na Smrekove
Utajená jaskyňa (Tretí pokus)
Vejár (Drapáč 1)
Vertikálna jaskyňa za Bralom
Podcelok Sielnické vrchy
Jaskyňa na Starhrade 1 (Sielnická jaskyňa, Pod Starhradom)
Jaskyňa na Starhrade 2
Jaskyňa na Starhrade 3
Jaskyňa na Starhrade 4
Jaskyňa na Starhrade 5
Podcelok Prosečné
Andaházyho diera
Autobusová jaskyňa (Skalné okno)
Blatnačka (V-3)
Brloh na Hrádkovej
Danielka
Diera na Svorade
Diera v Čerenovej skale
Diera v stene na Hrádkovej
Fialka (Ibolya)
Jaskyňa nad prosieckou vyvieračkou (V-1)
Jaskyňa nad vodojemom (Jaskyňa nad Kvačanmi)
Jaskyňa pred Vrátami 1 (O-1)
Jaskyňa pred Vrátami 2 (O-2)
Jaskyňa pred Vrátami 4 (O-4)
Jaskyňa s rebríkom (Rebríková jaskyňa)
Jaskyňa v ceste nad Hutami
Jaskyňa vo vrstve na Prosečnom
Jaskyňa vo vyvieračke
Polhôrna jaskyňa
Ponor na Svorade
Previs v Pravnáči
Pri vodopáde 1 (PV-1)
Pri vodopáde 2
Pri vodopáde 2
Pri vodopáde 4 (PV-4)
Pri vodopáde 5
Pri vodopáde 6
Priepasť v Heliáši (Priepastná jaskyňa v Heliáši)
Priepasť v Pravnáči (Gravitačná priepasť)
Priepasťovo-tunelová jaskyňa
Prosiecka jaskyňa (O-3, Jaskyňa pred Vrátami 3)
Sintrová jaskyňa (PV-0)
Sonda na Záklukách
Studňa pod Ostrým vrchom
Tunel na Hrádkovej
Vápencová jaskyňa v Lômoch (Jaskyňa nad Ižipovcami)
Vráta 2 (V-2)
Vráta 4 (V-4)