V geomorfologickom celku Branisko sa nachádza celkom 60 jaskýň (údaj k 31.12.2017). Z toho v podcelku Smrekovica je to 55 jaskýň a v podcelku Sľubica je to 5 jaskýň.
Podcelok Smrekovica
Abri pod Kamennou babou
Abri pod Sokolou
Abri v Lačnovskom kaňone
Adamovo rebro
Bezmenná jaskyňa
Darovaná jaskyňa
Diablova diera (ponor)
Diablova diera (vyvieračka) (V 1)
Dolmen v Šafranovci
Družicová jaskyňa
Excentrická jaskyňa (LK 2)
Fosílny ponor
Chmeľová (Jazvečia jaskyňa)
Janov bivak
Janov nocľah
Jaskyňa oproti Abri
Jaskyňa pod Bučom
Jaskyňa pod Červenou skalou
Jaskyňa pod Ihlou
Jaskyňa pod Lačnovským sedlom (LK 9)
Jaskyňa s mostom
Jaskyňa so srnčou lebkou
Jaskyňa 675
Jazvečia jaskyňa v Otovej skale
Kaplnka
Komín (LK 3)
Líščia diera
LK 5
LK 6
LK 7
LK 8 (Ferova jaskyňa)
Malá jaskyňa v lome I
Malá jaskyňa v lome II
Markušovská vyvieračka
Nádejná jaskyňa
Nápisové abri
Nízka jaskyňa
Oblúková jaskyňa
Okno pod Darovanou
Okno pod vyhliadkou
Okružná jaskyňa
Pekárnik
Pravá koľaj
Puklinová jaskyňa pod Sokolou
Rozsadlinová jaskyňa
Rozsadlinová jaskyňa pod Červenou skalou
Salamandra (KD 1, Salamandria jaskyňa)
Skalná brána
Skutočná jaskyňa
Slavkovská jaskyňa (Sutinová jaskyňa, Jaskyňa v lome)
Sokolia jaskyňa (LK 1)
Sonda pri Vrátnici
Trojvetvová jaskyňa
Vrátnica (LK 4)
Zrútená jaskyňa (Priepasť v slavkovskom lome)
Podcelok Sľubica
Brloh
Jaskyňa pod vežami
Piesková jaskyňa
Puklinová jaskyňa
Sintrová jaskyňa