V geomorfologickom celku Štiavnické vrchy sa nachádza celkom 29 jaskýň (údaj k 31.12.2017), všetky v podcelku Hodrušská hornatina (v časti Slovenská brána 2 jaskyne).
Podcelok Hodrušská hornatina
Buková diera
Delta
Detská fantázia
Dolomitová jaskyňa
Chválenská jaskyňa
Jaskyňa nad strieľanou
Jaskyňa pri kaplnke
Jaskyňa v Sabovej skale
Kaverna v žile Bieber v Novej šachte
Krasová jaskyňa druhá
Krasová jaskyňa prvá (Pod Bielou cestou)
Líščia diera (Voštinová jaskyňa)
Malá bazanitová jaskyňa
Malá jaskyňa pod Kečkou
Malá ľadienka
Menšia jaskyňa pod Kečkou
Parenica
Puklinová jaskyňa I
Puklinová jaskyňa II
Rozsadlina na Kečke
Sezam
Strieľaná jaskyňa
Šobovská jaskyňa
Šobovský komín
Tmavá jaskyňa pod Kečkou
Veľká jaskyňa pod Kečkou (Veľká jaskyňa na Kečke)
Veľká ľadienka
Časť Slovenská brána
Jaskyňa na Skale
Lávová jaskyňa