V geomorfologickom celku Podunajská pahorkatina sa nachádza celkom 16 jaskýň (údaj k 31.12.2017). Z toho v podcelku Nitrianska pahorkatina je to 10 jaskýň (v časti Bánovská pahorkatina 4, v časti Tribečské podhorie 1 a v časti Nitrianske vŕšky 5 jaskýň), v podcelku Hronská pahorkatina v časti Bešianska pahorkatina je to 1 jaskyňa a v podcelku Ipeľská pahorkatina je to 5 jaskýň (v časti Santovská pahorkatina 3 a v časti Sebechlebská pahorkatina 2 jaskyne).
Podcelok Nitrianska pahorkatina
Časť Bánovská pahorkatina
Dolná jaskyňa v kameňolome
Horná jaskyňa v kameňolome
Jaskyňa na Domkovej
Jaskyňa v Lachu
Časť Tribečské podhorie
Jaskyňa na Chríbe
Časť Nitrianske vŕšky
Jaskyňa v Drevenom lome
Jaskyňa v Stračej ceste
Lurdská jaskyňa
Nitrianska hradná jaskyňa
Zvislá jaskyňa (Jaskyňa pod kalváriou)
Podcelok Hronská pahokratina
Časť Bešianska pahorkatina
Jaskyňa v Čifárskej skale (Pseudokrasová jaskyňa)
Podcelok Ipeľská pahorkatina
Časť Santovská pahorkatina
Jaskyňa pri potoku (TSJ 1)
Jaskyňa v lome na Vápniku (Jaskyňa v lome Siklos)
Puklina (TJS 2)
Časť Sebechlebská pahorkatina
Diera v Hostečnom prameni
Jaskyňa v travertínovej kope Očného prameňa (Jaskyňa a Diera v Očnom prameni)