V geomorfologickom celku Súľovské vrchy sa nachádza celkom 162 jaskýň (údaj k 31.12.2017). Z toho v podcelku Súľovské skaly je to 55 jaskýň, v podcelku Skalky je to 25 jaskýň a v podcelku Manínska vrchovina (časť Maníny) je to 82 jaskýň.
Podcelok Súľovské skaly
Jaskyňa na Podskalskom Roháči 1
Jaskyňa na Podskalskom Roháči 2
Jaskyňa na Podskalskom Roháči 3
Jaskyňa na Podskalskom Roháči 4
Jaskyňa na Podskalskom Roháči 5
Jaskyňa na Podskalskom Roháči 6
Jaskyňa na Podskalskom Roháči 7
Jaskyňa na Podskalskom Roháči 8
Jaskyňa na Podskalskom Roháči 9
Jaskyňa na Podskalskom Roháči 10
Jaskyňa na Podskalskom Roháči 11
Jaskyňa na Podskalskom Roháči 12
Jaskyňa na Podskalskom Roháči 13
Jaskyňa na Podskalskom Roháči 14
Jaskyňa na Podskalskom Roháči 15
Jaskyňa na Podskalskom Roháči 16
Jaskyňa na Podskalskom Roháči 17
Jaskyňa na Podskalskom Roháči 18
Jaskyňa na Podskalskom Roháči 19
Jaskyňa pod Hričovským hradom I (Jaskyňa v Kakave, H-1)
Jaskyňa pod Hričovským hradom II (Hadia jaskyňa, H-2)
Jaskyňa pri Šarkanej diere
Jaskyňa v Čiernom potoku 1
Jaskyňa v Čiernom potoku 2
Jaskyňa v Čiernom potoku 3
Jaskyňa v doline Pružinky
Jaskyňa v Havranej skale
Jaskyňa v Skalke
Jaskyňa v Stráni 1
Jaskyňa v Stráni 2
Jaskyňa v Stráni 3
Jaskyňa v Stráni 4
Jaskyňa v Stráži
Jaskyňa v Suchom Jedľovníku
Jaskyňa v Torání
Líščie diery
Malá temná jaskyňa (Malá Závadská jaskyňa, Severná jaskyňa, Temná II, Malá Moštenecká)
Matejovec
Podskalská jaskyňa
Prečínska malá jaskyňa
Previs na Hoľazniach
Puklinová jaskyňa v Roháči
Skalný výklenok I
Skalný výklenok II
Skalný výklenok pri Sove
Stredná závadská jaskyňa
Šarkania diera (Jánošíkova jaskyňa)
Šarkania 3 (Š-3)
Veľká temná jaskyňa (Veľká Závadská jaskyňa, Južná jaskyňa, Temná I, Veľká Moštenecká)
Závadská 1
Závadská 2
Závadská 3
Závadská 4
Podcelok Skalky
Jaskyňa pod bukom (Jaskyňa 2)
Jaskyňa pod hrebeňom I (Rajecké skalky 3)
Jaskyňa pod hrebeňom II (Rajecké skalky 4)
Jaskyňa pod Roháčom
Jaskyňa pod Slnečnými skalami
Jaskyňa pod Srpovou vežou
Priepastná jaskyňa 1 (Jaskyňa 1)
Priepastná jaskyňa 3 (Rajecká, Zubárova jaskyňa, Tridsiatka)
Priepastná jaskyňa 4 (Jaskyňa IV, Jaskyňa v Skalkách)
Rajecké skalky 1
Rajecké skalky 2
Rajecké skalky 5
Rajecké skalky 6
Rajecké skalky 7
Rajecké skalky 8
Rajecké skalky 9
Rajecké skalky 10
Rajecké skalky 11
Rajecké skalky 12
Rajecké skalky 13
Rajecké skalky 14
Rajecké skalky 15
Rajecké skalky 16
Rajecké skalky 17
Rajecké skalky 18
Podcelok Manínska vrchovina
Časť Maníny
Bivak
Bivaková jaskyňa
Bránička
Brloh
Brloh 2
Deravá jaskyňa
Diera
Dolná puklinová jaskyňa
Dračie žily
Dravčia jaskyňa
Dvojitá jaskyňa
Dvojvchodová jaskyňa
Herman
Horná jaskyňa
Horná puklinová
Hrdlo
Jaskyňa nad Bielou skalou
Jaskyňa nad Verdonom 1
Jaskyňa nad Verdonom 2
Jaskyňa nad Verdonom 3
Jaskyňa neznámeho
Jaskyňa pod Černokňažníkom 2
Jaskyňa pod Studňou
Jaskyňa pod Vyhliadkou 1
Jaskyňa pod Vyhliadkou 2
Jaskyňa pod Vyhliadkou 3
Jaskyňa pod Vyhliadkou 4
Jaskyňa pri hrebeni
Jaskyňa v Centrálnom žľabe 1
Jaskyňa v Centrálnom žľabe 2
Jaskyňa v Centrálnom žľabe 3
Jaskyňa v Centrálnom žľabe 4
Jaskyňa v hrebeni Červených skál 1
Jaskyňa v hrebeni Červených skál 2
Jaskyňa v Manínskej stráži
Jaskyňa v Manínskom Verdone
Jaskyňa v platni (Jaskyňa vo Veľkej platni)
Jaskyňa v prvom žľabe 1
Jaskyňa v prvom žľabe 2
Jaskyňa v stene
Jaskyňa za skalou
Jašteričia priepasť (Veľká jaskyňa, Priepastná jaskyňa v Jašteričom hrebeni)
Južná 1
Južná 2
Južná 3
Južná 4
Južná 5
Komora (Dvojičky)
Koreň
Malá jaskyňa pod Vyhliadkou 1
Malá jaskyňa pod Vyhliadkou 2
Malá skalná brána
Malomanínska jaskyňa
Malý bivak
Muflonia jaskyňa-dolná
Muflonia jaskyňa-horná
Muflonia jaskyňa 3
Ozvenová jaskyňa
Partizánska jaskyňa (Hrubá diera)
Pec
Plazivka
Pod previsom
Portálová jaskyňa
Priepasť v Centrálnom žľabe (Priepasť v Lavínovom žľabe)
Pustovníkova jaskyňa
Sovie oči I
Sovie oči II
Stratené veže
Stratené veže-závalová
Studňa
Studňa v hrebeni Červených skál
Šatňa (Malá diera)
Štrbinová jaskyňa
Tisie okno
Trojvchodová jaskyňa
Tunel
Útulná
Vápencová jaskyňa (Kvapľová jaskyňa)
Veľký Manín 1
Veľký Manín 2
Veľký Manín 3