V geomorfologickom celku Pieniny sa nachádza celkom 29 jaskýň (údaj k 31.12.2017).
Aksamitka (Mlečna džura)
Ementál (HL 8)
Haligovce 2 (HL 2)
Haligovce 3 (HL 3)
Haligovce 4 (HL 4)
Haligovce 5 (HL 5)
Haligovce 6 (HL 6)
Haligovce 7 (HL 7)
Haligovce 9 (HL 9)
Haligovce 10 (HL 10)
Hraničná jaskyňa (Jaskynia Graniczna)
Chemikova diera
Jaskyňa pod skalným oknom (Jaskyňa pod tunelom)
Jaskyňa v Ošici 1
Jaskyňa v Ošici 2
Jaskyňa v Ošici 3
Jaskyňa v Ošici 4
Jaskyňa v Ošici 5
Jazvečia jaskyňa
Ježovka (Jozúfka)
Lebka
Malá jaskyňa 1
Malá jaskyňa 2
Maroškova jaskyňa
Paluby I
Paluby II
Skrývačka
Tunel pod Zbojníckou bránou
Zbojnícka jaskyňa