V geomorfologickom celku Malá Fatra sa nachádza celkom 235 jaskýň (údaj k 31.12.2017). Z toho v podcelku Krivánska Fatra je to 104 jaskýň (v časti Rozsutce 15, v časti Štefanovská kotlina 1, v časti Krivánske Veterné hole 79 a v časti Osnica 9 jaskýň) a v podcelku Lúčanská Fatra je to 131 jaskýň (v časti Lúčanské Veterné hole 103, v časti Kýčery 16 a v časti Kľak 12 jaskýň).
Podcelok Krivánska Fatra
Časť Rozsutce
Gotická škára pod Oltárom
Jaskyňa pod Červenou
Jaskyňa pod Vencovou skalou
Jaskyňa v Ďurkových skalách
Jaskyňa v Hladkom grúniku 1 (Pod Uhlom 1)
Jaskyňa v Hladkom grúniku 2 (Pod Uhlom 2)
Krasová dutina pod Červenou
Krasová puklina pod Bobotami
Krasový komín pri Vencovej
Kryštálová jaskyňa
Medvedí brloh v Rozsutci I
Medvedí brloh v Rozsutci II
Previs pod Vencovou
Sonda pod Vencovou
Za Polkovou
Časť Štefanovská kotlina
Rozlámaná jaskyňa
Časť Krivánske Veterné hole
Abri pri sonde
Adamova jaskyňa (Osmička, Sonda č.8)
Asta
Belá 1 (B-I, Jaskyňa vedľa Tarzanej cesty)
Belá 3 (B-III., Jaskyňa za hrebienkom)
Belá 4 (B-IV, Jaskyňa salamandier)
Belá 6 (B-VI., Jaskyňa pod veterným hrebeňom)
Belá 7 (Tesná jaskyňa)
Belá 8 (B-VIII, B-III, Jaskyňa spadnutého lístia, Patyková jaskyňa)
Belá 9 (B-IX.)
Belá 10 (B-X., Pastierova jaskyňa)
Belá 11 (B-IVa., Diera nad Líščou priepasťou)
Belská vyvieračka
Bivaková jaskyňa
Deravá skala
Devina
Estavela (Estavela vo Vrátnej)
Floriánka
Henrieta
Horné okno v Opukách
Huba
Chladná diera (Belá 2, B-II.)
Jaskyňa jesenného vetra
Jaskyňa na Prepadliskách
Jaskyňa nad vyvieračkou
Jaskyňa paroháčov
Jaskyňa pod bralom
Jaskyňa pod krasovým komínom
Jaskyňa pod Veľkým Kriváňom 1 (VK-1)
Jaskyňa pod Veľkým Kriváňom 2 (VK-2)
Jaskyňa predátora
Jaskyňa pri Osmičke (CH-1, Nádeje)
Jaskyňa v Bielych skalách
Jaskyňa v brale nad červeným smrekom
Jaskyňa v Myšačke
Jaskyňa v Spodkoch
Jaskyňa vo vyvieračke
Jašteričia priepasť I (Javorina 1)
Jašteričia priepasť II (Javorina 2)
Jašteričia priepasť III (Javorina 3)
Jožova jaskyňa
Junácka pasovačka (Jaskyňa pod Vencovou oproti Ťave)
Komínová jaskyňa
Kukurišova jaskyňa (Kukuriška)
Ľadový dych Kriváňa
Líščia priepasť (Belá 5, B-V)
Malá jaskyňa I
Malá jaskyňa II
Malokrivánska priepasť (Priepasť pod Malým Fatranským Kriváňom)
Marekova priepastka WC1
Medvedí brloh v Stratenci
Medvedí brloh v Suchom
Medvedia jaskyňa I
Medvedia jaskyňa II (Wratnuella)
Milka
Pekelne šťastná vyhliadka
Prahová jaskyňa
Priepasť neprajníkov
Priepasť pána Caloina
Priepasť pod Snilovským sedlom
Priepasť v Kraviarskom
Priepasť v Prostej I
Priepastka nad vzdušným vodopádom
Puklina pod Malokrivánskou priepasťou
Puklinová jaskyňa
Pyritová sonda (Fondrkova sonda)
Sonda pod stenou
Sonda polygón
Sonda 9 vo Vrátnej
Stará stratenecká jaskyňa (Orlie hniezdo)
Stratenecká priepasť (Kostol)
Štrichy
Šupicova jaskyňa
Tomaňova jaskyňa
Veľká trhlina v Opukách (Veľká puklina v Opukách)
Vtáčia jaskyňa oproti Sokolej veži
Zasypaná priepasť (Prostá II)
Zasypaná priepasť na Plešeli
Záškolácka jaskyňa
Časť Osnica
Brloh nad Vápenicou
Jaskyňa v brale (Partizánska jaskyňa)
Jaskyňa v Brezinách
Jaskyňa v Kačove
Jaskyňa v Pivničiskách 1
Jaskyňa v Pivničiskách 2
Jaskyňa v Pivničiskách 3
Pivničiská úzka
Ponorová jaskyňa (Ponor pod Magurkou)
Podcelok Lúčanská Fatra
Diera v Krakove
Časť Lúčanské Veterné hole
Abra s komínom
Bezodný komín
Dažďová jaskyňa
Dedova jaskyňa
Diera pri chodníku
Dolná priepasť v Kováčovej skale
Dračia diera v Goleštaine
Emilova jaskyňa
Farebná jaskyňa
Hoblíková jaskyňa (H-1)
Hoblíková jaskyňa nad abrou
Horná priepasť v Kováčovej skale
Hradná 1
Hradná 2
Hradná 3
Hradná 4
Hradná 5 (Ponorová jaskyňa)
Hradná 6 (Salamandrová jaskyňa)
Hradná 7 (Tunelová jaskyňa)
Jaskyňa Dabra
Jaskyňa Ka
Jaskyňa na rohu
Jaskyňa nad Farebnou
Jaskyňa nad malachitovou skalou
Jaskyňa nad mokrým kútom
Jaskyňa nad Plazivou (Kunova štrbina)
Jaskyňa nad sutinovým kužeľom (Tulácka jaskyňa, Falošná jaskyňa Oko)
Jaskyňa pentagon
Jaskyňa pod Bielou vežou 1
Jaskyňa pod Bielou vežou 2
Jaskyňa pod Bielou vežou 3
Jaskyňa pod Bielou vežou 4
Jaskyňa pod Farebnou
Jaskyňa pod kaplnkou
Jaskyňa pod Ostrou 1
Jaskyňa pod Ostrou 2
Jaskyňa pod Ostrou 3
Jaskyňa pod skalnou bránou
Jaskyňa pod vyhliadkou
Jaskyňa s komínom
Jaskyňa v Dedovej skale
Jaskyňa v Ementáli 2 (Puklinová jaskyňa)
Jaskyňa v Ementáli 3 (Jaskyňa vedľa Veľkej 1)
Jaskyňa v Ementáli 4 (Jaskyňa anastomóz)
Jaskyňa v Ementáli 5 (Divoké oči)
Jaskyňa v Ementáli 6 (Motýlia jaskyňa)
Jaskyňa v Ementáli 7 (Citrónová jaskyňa)
Jaskyňa v Ementáli 8 (Malý dóm)
Jaskyňa v Ementáli 9 (Kútovka oproti malému dómu)
Jaskyňa v Ementáli 10 (Jaskyňa medzi hrebienkami)
Jaskyňa v Hoblíku 2 (H-2, Dvojka)
Jaskyňa v Hoblíku 4 (H-4)
Jaskyňa v Kňahynej dolinke 2
Jaskyňa v skalnej stene
Jaskyňa vo veľkom previse
Jazvečia jaskyňa (Plazivá jaskyňa)
Jazvečia jaskyňa v Dedovom vrchu
Kakaové oči
Kaverna pod bivakom
Kozolská jaskyňa I
Kozolská jaskyňa II
Kozolská južná 1
Kozolská južná 2
Kozolská južná 3
Kozolská južná 4
Kozolská južná 5
Kozolská južná 6
Krasový komín pod Medveďou
Kuneradská jaskyňa I
Kuneradská jaskyňa II
Kuneradská jaskyňa III
Kuneradská jaskyňa nad zastávkou
Lipová jaskyňa
Malá abra pod Bielou vežou
Matúšová jaskyňa
Medvedí brloh v Kozly
Oko (Dúpna skala, Opálená skala)
Orlie hniezdo
Ostrá 4
Ostrá 5
Ostrá 6 (Medvedia jaskyňa pod javorom)
Plazivka (Jaskyňa v kameňolome)
Polomská jaskyňa
Pracovná sonda Očko
Priepasť dvoch bláznov
Púčekova jaskyňa pod bralom (Jaskyňa v Hoblíku 3, H-3, Sonda v Bralovej skale)
Puklinová jaskyňa (Jaskyňa nad vyvieračkou)
Siedma brána
Slepá diera
Sonda CH2
Sonda na Dubnej skale (Sonda 2)
Sonda na lúčke
Stráňavská jaskyňa (Sonda pod Polomom, Bukovinského jaskyňa, Sokol I, II)
Syslia diera
Šachtená
Tunel v lome Dubná skala (Nová sonda na Dubnej skale)
Turská jaskyňa (Turie nad vodojemom)
Veľká abra pod Bielou vežou
Veľká jaskyňa v Ementáli 1 (Jaskyňa nad vodojemom)
Veľká portálová jaskyňa v Kňahynej dolinke
Višňovská jaskyňa
Výverová jaskyňa
Časť Kýčery
Bašta (Jaskyňa so skalnou bránou KP-4)
Diera pod Hlbokou jaskyňou
Ďurčianska jaskyňa (Jaskyňa pod Sokolom, Jaskyňa v Sokole I)
Hlboká jaskyňa (KP-3)
Jaskyňa na skalnej rímse
Jaskyňa salamandier vo veľkej abre
Jaskyňa v Dúpnej skale I (Jaskyňa pri potoku, Kamenná Poruba-KP-1 Jaskyňa Sokola II)
Jaskyňa v Dúpnej skale II (Lomená jaskyňa, KP-2)
Jaskyňa v Ďurčanke I (Frývaldská)
Jaskyňa v Ďurčanke II (Frývaldská špirálová 1)
Ľadová jaskyňa (Petrová úpäťová v Ďurčanke)
Náhodná diera
Petrová vetrová v Ďurčanke (Frývaldská pod jazvecom, Jaskyňa 8)
Pokladová jaskyňa (KP-5, Suchá jaskyňa)
Sopotná
Tesná diera v Ďurčanke (Frývaldská 9)
Časť Kľak
Jaskyňa v Dutej skale
Jaskyňa v kameňolome
Kivek
Košiarka
Previs v Kľaku
Priepasť v Kľaku
Žltá jaskyňa 1
Žltá jaskyňa 2 (ŽI-2)
Žltá jaskyňa 3
Žltá jaskyňa 4
Žltá jaskyňa 5
Žltá jaskyňa 6