V geomorfologickom celku Veľká Fatra sa nachádza celkom 530 jaskýň (údaj k 31.12.2017). Z toho v podcelku Hôľna Fatra je to 62 jaskýň, v podcelku Bralná Fatra je to 268 jaskýň, v podcelku Zvolen sú to 4 jaskyne, v podcelku Lysec je to 59 jaskýň, v podcelku Šiprúň sú to 2 jaskyne, v podcelku Šípska Fatra je to 128 jaskýň a v podcelku Revúcke podolie je to 7 jaskýň.
Podcelok Hôľna Fatra
Balovská jaskyňa
Biela jaskyňa
Biela skala 1 (B-1)
Biela skala 2 (B-2)
Biela skala 3
Biela skala 5
Biela skala 6 (B-6)
Biela skala 7 (B-7)
Biela skala 8 (B-8)
Biela skala 9 (B-9)
Biela skala 10 (B-10)
Biela skala 11 (B-11)
Biela skala 12 (B-12)
Biela skala 13 (B-13)
Biela skala 14 (B-14)
Biela skala 15 (B-15)
Biela skala 16 (B-16)
Biela skala 17 (B-17)
Biela skala 18 (B-18)
Jaskyňa pod cestou
Jaskyňa pod suchým vrchom
Jaskyňa v Čerťazi
Jaskyňa v Dolnom Jelenci
Jaskyňa v Muráni I
Jaskyňa v Muráni II
Jaskyňa v žľabe
Jelenecká jaskyňa (Jaskyňa v Hornom Jelenci)
Jelenia jaskyňa (B-4)
Kanceľ (B-19)
Kýšky 1 (K-1)
Kýšky 2
Kýšky 3
Kýšky 4 (K-4)
Kýšky 5 (Jaskyňa pod Kýškami č.5)
Líščia diera (C-2)
Malá Labantova jaskyňa
Malá Turecká
Močidlá
Morňa (B-0)
Perušín 1
Perušín 2
Perušín 3
Pražská jaskyňa (S-8)
Predvrchol 1 (P-1)
Predvrchol 2 (P-2)
Predvrchol 3
Previs pri Liptovskej Revúcej
Priepasťová jaskyňa I
Priepasťová jaskyňa II
Puklinová jaskyňa v Bielej skale (B-20)
Suchá jaskyňa 3 (S-3)
Suchá jaskyňa 4 (S-4)
Suchá jaskyňa 5 (S-5)
Šikmá jaskyňa
Štrochy (Š-1, Priepastná jaskyňa Magura)
Štrochy 2
Štrochy 3 (Veľká rozsadlina)
Štrochy 4
Štrochy 5 (Rozsadlina s dilatometrom)
Veterná jaskyňa
Vojenská jaskyňa
Závrt v Čerťazi
Podcelok Braľná Fatra
Aktívna Túfna
Bahnitá jaskyňa (V-13)
Bakalárska jaskyňa
Beznádejná jaskyňa (D-7, Puklinová jaskyňa)
Biela jaskyňa (VA-7)
Biela voda
Blatnická jaskyňa (Kuchynka, Nocľaháreň, BT-2)
Čakáreň (H-9)
Čertov zrázok 1
Čertov zrázok 2 (ČZ-2)
Čertov zrázok 3
Čertov zrázok 4
Čertov zrázok 5
Čertova diera (H-6)
Čižma
Danubitová jaskyňa (B-54)
Dedošová I (D-1)
Dedošová II (D-2)
Dekretova jaskyňa
Diera pri Klepci
Diera pri prameni 1 (PG-8)
Diera pri prameni 2 (PG-9)
Diera pri prameni 3 (PG-10)
Diera v Dedošovej
Diera v Muráni (Nová jaskyňa pri Nezábudke)
Diera v Štrochoch (Š-13)
Dierový previs (VS-4)
Dolná Mažarná (VA-11)
Dolná stĺpová (VA-1)
Dolná Túfna
Dolný čierny previs (Š-2)
Dúpna jaskyňa I (P-1, Dolná Dúpna)
Dúpna jaskyňa II (P-2, Horná Dúpna)
Fialova jaskyňa
Folkušová 1 (F-1)
Guľôčková jaskyňa (PG-4)
Harmanecká jaskyňa (Izbica)
Havranová 4 (4-H)
Holubäcia jaskyňa (BT-5)
Horná Dedošová
Horná jaskyňa
Horná stĺpová (VA-2)
Horná Túfna (Horná Tufová)
Horný čierny previs (Š-4)
Hubná 2 (H-2)
Hubná 3 (3-MH)
Hubná 4 (H-4, 4-MH)
Hubná 5 (H-5, 5-MH)
Hubná 7 (H-7, 7-MH)
Hubná 12 (H-12)
Húsenica
HV-1
HV-2 (Skalné okno)
HV-3
HV-4
HV-5
HV-6
Jánošíková jaskyňa
Janova chyža
Jaskyňa bez názvu (Š-9)
Jaskyňa Izabely Textorisovej (HA-5, Havranová)
Jaskyňa na Kočarovej (BT-6)
Jaskyňa na prelome (H-13)
Jaskyňa na terase
Jaskyňa na Vôdkach (KD-2)
Jaskyňa na Vyhni (Piesková, Piesočná)
Jaskyňa nad cestou
Jaskyňa nad Čakárňou (H-10)
Jaskyňa nad Malou šikmou puklinou
Jaskyňa nad občasným výverom vôd
Jaskyňa nad potokom (G-2, Jaskyňa pri vode)
Jaskyňa nad sutinou (H-11)
Jaskyňa nad Textorisovou
Jaskyňa nad Uhliskami
Jaskyňa nádeje
Jaskyňa oproti Vrátnej (D-6)
Jaskyňa pod cestou
Jaskyňa pod Muráňom
Jaskyňa pod Ostrou 1
Jaskyňa pod Ostrou 2
Jaskyňa pod Pekárovou (G-3)
Jaskyňa pod Rakytovom
Jaskyňa pod salašom (D-3, Skalné diery v Dedošovej)
Jaskyňa pod Textorisovou 1
Jaskyňa pod Textorisovou 2
Jaskyňa pod Tunelovou
Jaskyňa pod vežou (V-12, Nová guľôčková, V-13, Sintrová jaskyňa V-14)
Jaskyňa poniže Vrátnej (D-4)
Jaskyňa pri chate Hubná
Jaskyňa pri chodníku
Jaskyňa pri moste (H-8)
Jaskyňa pri Ťavej skale (VS-1)
Jaskyňa tunelová
Jaskyňa v Čiernej doline
Jaskyňa v Lopatách (Črchľa)
Jaskyňa v Ľubenej (G-5)
Jaskyňa v nemeckých báňach
Jaskyňa v prepadlisku
Jaskyňa v Rakšianskej doline
Jaskyňa v skalnej terase
Jaskyňa v Túfnej nad horárňou
Jaskyňa v úžľabine (Jaskyňa v žľabe, P-3)
Jaskyňa v Žarnovickej doline
Jaskyňa vo Vrátnej 1 (VR 1)
Jaskyňa vo Vrátnej 2 (VR 2)
Jaskyňa vo Vrátnej 3 (VR 3)
Jaskyňa vo Vrátnej 4 (VR 4)
Jaskyňa vo Vrátnej 6 (VR 6)
Jaskyňa vo Vrátnej 7 (VR 7)
Jaskyňa vo Vrátnej 8 (VR 8)
Jaskyňa vo Vrátnej 10 (VR 10)
Jaskyňa vo Vrátnej 11 (VR 11)
Jaskyňa vo Vrátnej 12 (VR 12)
Jaskyňa vo Vrátnej 13 (VR 13)
Jelenia jaskyňa (VA-6)
Klepec (KD-1)
Koliba
Komín
Komín v Čremošnianskom tuneli I
Komín v Čremošnianskom tuneli II
Komín v Dedošovej
Krátka diera
Krkavčia jaskyňa
Krpcovo
Lastovičia jaskyňa 1 (Kamenné mlieko)
Lastovičia jaskyňa 2
Líščia diera pri Removej
Lôm (G-4, Jaskyňa v Lome)
Ľubená jaskyňa
Malá čierna jaskyňa (Š-3)
Malá jaskyňa (Š-6)
Malá klenbová jaskyňa (Š-8)
Malá medvedia jaskyňa
Malá pivnica
Malá šikmá puklina (Š-11)
Mažarná (Jaskyňa v Tlstej, Mažiarna, VA-9)
Medvedí brloh
Medvedí brloh 1 nad jaskyňou Nádeje
Medvedí brloh 2 nad jaskyňou Nádeje
Mokrá jaskyňa
Muráň 1 (M-1)
Muráň 2 (M-2)
Muráň 3 (M-3)
Nad Konským dolom 1 (NKD 1)
Nad Konským dolom 2 (NKD 2)
Nad Konským dolom 3 (NKD 3)
nad Konským dolom 4 (NKD 4)
Nenápadná jaskyňa
Nezábudka
NT-1
NT-2
NT-3
NT-5
Občasná vyvieračka pri Aktívnej Túfnej
Občasný výver vôd
Oblúková jaskyňa (Jaskyňa č.1-H, HA-1, Abri v Konskom dole)
Okno
Okno (Terasa, PG-3)
Partizánska jaskyňa (kataster Dolný Harmanec)
Partizánska jaskyňa (kataster Mošovce)
Pivnica
Pivnica pri Blatnici (BT-1)
Plazivá jaskyňa
Pod Vápenicou
Podmoľa v Širokej
Ponorová jaskyňa v Podflochovej doline (Bartoška, Čremošnianska jaskyňa)
Poschodová jaskyňa (BT-4)
Previs pod Ostrou
Previs pod strechou (TD-7)
Previs pod Úlohami
Previs v Uhlisku
Previs v závoze (TD-10)
Previsová jaskyňa
Priechodná jaskyňa
Priepasť pod Ostrou
Priepasť P-1
Priepasť v stene (Nová pri Nezábudke)
Prostredný grúň 1 (1-PG, Jaskynné diery vo Vlkanovej)
Prostredný grúň 2 (2-PG)
Prostredný grúň 6 (6-PG)
Prostredný grúň 7 (9-PG, PG-7)
Puklinová jaskyňa
Puklinová jaskyňa (Š-14, Na doline)
Racvalova doline I (R-1)
Rakytová
Rakytovo (Rakytovo-Lopaty)
Remová (P-4)
Rozsadlina na Uhliskách 1
Rozsadlina na Uhliskách 2
Ružový previs (V-14, Vrátna 3)
Salaš v previse
Salaš 1
Salaš 2
Samá diera (H-1)
Skalná brána v Havranovej (Tunel č.4)
Skalná brána v Hubnej
Skalný previs nad Dolnou Mažarnou (VA-10, Previs pod Mažarnou)
Sokolová
Sonda vo výduchu
Spálňa (BT-3)
Suchá diera
Suchá jaskyňa
Svetlý previs (TD-9)
Šikmá jaskyňa (Š-10)
Šípková Ruženka
Široká (G-1)
Široká jaskyňa (3-H)
Škáp 1 (S-1)
Škáp 2 (S-2)
Škáp 3 (S-3)
Škáp 4 (S-4)
Škáp 5 (S-5)
Škáp 6
Škáp 7 (S-7)
Škáp 8 (S-8)
Škáp 9 (S-9)
Štrbinová jaskyňa
Tajná jaskyňa (Š-7)
Tajná túžba
Tmavá dolina 1 (1-TD)
Tmavá dolina 2
Tmavá dolina 3
Tmavá dolina 4 (TD-4)
Tmavá dolina 5
Tmavá dolina 6
Tmavá dolina 8
Tmavá dolina 11 (Jaskyňa v závoze)
Trhlina pri chodníku
Tri diery v Dedošovej
Trojuholník (VA-8)
Tunelová jaskyňa (kataster Dolný Harmanec)
Tunelová jaskyňa (kataster Necpaly)
Tunelová jaskyňa (D-5)
V tuneli
Vápenica
Vápenná 3 (VA-3)
Vápenná 4 (VA-4)
Vápenná 5 (VA-5)
Večná túžba
Veľká medvedia jaskyňa
Veľká previsová jaskyňa
Veľká rozsadlina nad Uhliskami
Veľké Studienky 2 (VS-2)
Veľké studienky 2 (VS-3)
Veľký previs (V-18)
Ventarola v Širokej
Vrátna 1 (V-1)
Vrátna 2 (V-2)
Vrátna 3 (V-3)
Vrátna 4 (V-4)
Vrátna 5 (V-5)
Vrátna 6 (V-6, Piesková jaskyňa)
Vrátna 7 (V-7)
Vrátna 8 (V-8, Obývačka)
Vrátna 9 (V-9)
Vrátna 10 (V-10)
Vrátna 11 (V-11)
Vrátna 12 (V-11, V-12)
Vrátna 15 (V-15)
Vrátna 16 (V-16, Jaskyňa za vežou)
Vrátna 17 (V-17, Modrý previs)
Vrstvová jaskyňa (PG-5)
Vrstvová jaskyňa v Štrochoch (Š-12)
Výklenok (D-8)
Záturčianka (NT-4)
Zbojnícka jaskyňa
Zlámaná jaskyňa (Š-5)
Podcelok Zvolen
Hričkov
Jaskyňa nad Liptovskou Revúcou
Jaskyňa pod Prašivou
Podcelok Lysec
Brdce
Čičiareň (C-1)
Diera pod Kľakom
Diera pri jame
Diera v Dieli
Diera v Dolnom Malcove
Diera v Katovej skale
Diera v Malcove 1
Diera v Malcove 2
Diera 1 (D-1, Ementál)
Diera 2 (D-2)
Diera 5 (D-5)
Diera 7 (D-7)
Dolný Malcov (M-1)
Došná 3 (DO-3)
Došná 5 (DO-5)
Došná 6 (DO-6)
Došná 7 (DO-7)
Dvojitá diera (Č.7)
Havrania jaskyňa (Došná 4, DO-4)
Jánošíková jaskyňa (K-1, č.2)
Jaskyňa na Katovej skale 9
Jaskyňa nad chatou (DO-1)
Jaskyňa nad Smrekovom
Jaskyňa nad Tepličkou
Jaskyňa pod Kľakom
Jaskyňa salamandier (Jaskyňa pod Viechou)
Jaskyňa so závalom (Chliev, Došná 8)
Jaskyňa v žľabe (Č.4)
Jaskynná diera 5
Jaskynná diera 6
Javorina-Medvedia
Južná sonda
Katova jaskyňa
Katova studňa
Líščia diera I
Líščia diera II
Malcov 1
Malcov 2
Perlová jaskyňa (DO-2)
Priepasť na Chlme
Priepasť na Tisovom
Priepasťovitá jaskyňa (K-2, Č.3)
Sonda pri ohnisku
Sonda v Malcove (Malcov)
Suchá jaskyňa 1 (Veľká Suchá jaskyňa S-1)
Suchá jaskyňa 2 (S-2)
Suchá jaskyňa 6 (S-6)
Suchá jaskyňa 7 (S-7)
Suchá jaskyňa 8
Tesná plazivková diera
Venušina jaskyňa (D-4)
Zrútená jaskyňa (Č.8)
Žiarna jaskyňa 1 (Ž-1)
Žiarna jaskyňa 2 (Ž-2)
Žiarna jaskyňa 3 (Ž-3)
Žiarna jaskyňa 4 (Ž-4, Malá Žiarna)
Žiarna jaskyňa 5
Žlebiny
Podcelok Šiprúň
Jalová priepasť na Tlstej hore
Netopieria jaskyňa na Tlstej hore
Podcelok Šípska Fatra
Baraskulina jaskyňa
Biely dych
Bôrová priepasť
Brloh
Brodňanského jaskyňa
Bukovec
Črchlica
Čutkovská jaskyňa
Diera nad roklinou
Diera nad Rúrovitou jaskyňou
Diera pod kamennou ihlou
Diera pod Strednou
Diera pri Hornej Zvonici
Diera v amfiteátri
Diera vedľa Hornej
Diery nad Ľadovou v Šípe
Dolná jaskyňa v Majde-Lieští (Kačia jaskyňa č.3)
Fedorov 1 (Trojuholníková)
Fedorov 2 (Ypsilonka)
Hacienda
Horná jaskyňa v Majde-Lieští (Kačia jaskyňa č.1)
Horná Zvonica
Húšťa
Hýllova trhlina
Ivanove topánky
Jadronov sen
Jaskyňa na Šípe (Okrúhla skala)
Jaskyňa nad Fedorovom
Jaskyňa nad skladom dreva
Jaskyňa pod kabínkou
Jaskyňa pod Kopou
Jaskyňa s komínom
Jaskyňa s náradím
Jaskyňa so skobou
Jaskyňa udavačov (Zavalená jaskyňa)
Jaskyňa v Čebrati
Jaskyňa v Čertovej skale (Ľubochnianska jaskyňa)
Jaskyňa v Havránkach 1
Jaskyňa v Havránkach 2
Jaskyňa v Havránkach 3
Jaskyňa v Havránkach 4
Jaskyňa v Havránkach 5
Jaskyňa v Havránkach 6
Jaskyňa v Havránkach 7
Jaskyňa v Havránkach 8
Jaskyňa v Hrdoši 2
Jaskyňa v Hrdoši 3
Jaskyňa v Hrdoši 4
Jaskyňa v Hrdoši 5
Jaskyňa v Hrdoši 6
Jaskyňa v Hrdoši 7
Jaskyňa v Hrdoši 8
Jaskyňa v Hrdoši 9
Jaskyňa v Hrdoši 10
Jaskyňa v Hrdoši 11
Jaskyňa v Hrdoši 12
Jaskyňa v Hrdošnej skale (Žaškovská jaskyňa)
Jaskyňa v Kope nad Kraľovanmi
Jaskyňa v Korbeľke (Jaskyňa č.3)
Jaskyňa v Kraľovianskej kope 1
Jaskyňa v Kraľovianskej kope 2
Jaskyňa v Kraľovianskej kope 3
Jaskyňa v Kraľovianskej kope 4
Jaskyňa v Kraľovianskej kope 5
Jaskyňa v Kraľovianskej kope 6
Jaskyňa v Kraľovianskej kope 7
Jaskyňa v Kraľovianskej kope 8
Jaskyňa v Kraľovianskej kope 9
Jaskyňa v Kraľovianskej kope 10
Jaskyňa v Kraľovianskej kope 11
Jaskyňa v Kraľovianskej kope 12
Jaskyňa v Kraľovianskej kope 13
Jaskyňa v Panskom háji
Jaskyňa v stenách
Jaskyňa v stene v Hrdoši
Jaskyňa v tuneli
Jaskyňa v Žľabinách 1
Jaskyňa v Žľabinách 2
Jaskyňa v Žľabinách 5
Jaskyňa v Žľabinách 6
Jaskyňa veľkých puklín
Jaskyňa vo Veľkej skale
Jazerná jaskyňa
Kabínková jaskyňa
Kamenný stan
Kaverna pri stožiari
Kederská priepasť
Kliešťová jaskyňa
Kraľovianska dolná jaskyňa v Sokole
Kraľovianska horná jaskyňa v Sokole
Kraľovianska jaskyňa v Sokole (Kraľovianska stredná jaskyňa)
Krpelianska jaskyňa
Ľadová jaskyňa v Šípe (Jaskyňa v Šípe pri Žaškove)
Ľudmila v Šútovskom lome
Malá medvedia jaskyňa
Malá riečna jaskyňa
Medvedia priepasť (Priepasť pri lome)
Meškovo 4
Meškovo 6
Meškovo 7
Obyvák
Previs v Čertovej skale
Priechodná rúra
Priepasť na Meškove (Veľká priepasť na Meškove, M-2)
Priepasť pod Hubou
Priepasť s miskou
Priepasť v sedle pri Zvonici
Priepasť v Žľabinách 4
Priepastná jaskyňa v Žlabinách 3
Prievanová priepasť
Puklina pískajúce buky
Puklinová priepasť na Meškove (M-3)
Rákytie
Rebríková jaskyňa
Rúrovitá jaskyňa (Jaskyňa pod skalou)
Salamandria priepasť (M-1)
Sitekov sen
Sonda nad novým tunelom (Jaskyňa nad novým tunelom)
Spomienková priepasť
Stankovianska jaskyňa
Stredná jaskyňa v Majde-Lieští (Kačia jaskyňa č.2)
Škutova komora
Tri terasy
Zákopová jaskyňa v Sidorove
Záskalie-Mokraď
Závalová jaskyňa na Meškove (M-5)
Zbojnícka diera
Zvonica
Podcelok Revúcke podolie
Jaskyňa pod Bukovinou
Jaskyňa v lome pri Bielom potoku
Jaskyňa vo Vlčej skale 1
Jaskyňa vo Vlčej skale 2
Jaskyňa vo Vlčej skale 3
Netopieria jaskyňa
Závrt na Jaziercach (TJB-3)