V geomorfologickom celku Košická kotlina sa nachádza celkom 67 jaskýň (údaj k 31.12.2017). Z toho v podcelku Medzevská pahorkatina je to 65 jaskýň a v podcelku Toryská pahorkatina sú to 2 jaskyne.
Podcelok Medzevská pahorkatina
Bezodná studňa (Feneketlen kút, JP-25)
Buksiho diera
Ceriny 1
Ceriny 2
Dymová jaskyňa
Fajka (Fajfčička, Pipa, JP-13)
Hadia jaskyňa (Slimačia jaskyňa)
Hatinská jaskyňa I (JP-31, Sedemnástka)
Hatinská jaskyňa II (18, K, JP-33)
Hatinská rozbitá jaskyňa
Helena (Ilona-forrás, Prameň Helena)
Jaskyňa nad Helenou
Jaskyňa nad Mníchovou dierou
Jaskyňa nad Vyšnými lúkami
Jaskyňa pod Zrútenou
Jaskyňa v lome 1
Jaskyňa v lome 3
Jaskyňa v lome 4
Jaskyňa v ostrohe 1
Jaskyňa v ostrohe 2
Jaskyňa 16 (Krasová vyvieračka 16 H)
Jasovská diera I
Jasovská diera II
Jasovská jaskyňa-Okno
Jazvečí hrad
Kamenná pivnica (Kő-pincze, JP-8)
Komín nad Dievčenskou vyvieračkou
Komín pri Helene
Líščia diera
Líščia diera v Jasovskej skale (Rókalyuk, č.5-Himmel, JP-12)
Machová jaskyňa
Malá jaskyňa 1 (JP-14, č.7)
Malá jaskyňa 2 (JP-15)
Malá jaskyňa pod Bezodnou studňou (13, JP-26)
Malá jaskyňa pod Tomášovou dierou I (JP-23)
Malá jaskyňa pod Tomášovou dierou II (JP-24)
Malá jaskyňa pod vyvieračkou Helenou (JP-37)
Malá jaskyňa 14 (JP-27, Štrnástka)
Malá jaskyňa 15 (JP-27, Pätnástka)
Malá jaskyňa 19 (JP-34, Devätnástka)
Malá priepasť na kopci
Malá puklinová jaskyňa
Malý jazvečí hrad
Matejova jaskyňa
Medzijaskyňa
Mníchova diera (Pap-verem lyuk, Dymová jaskyňa)
Moldavská jaskyňa (JP-38, Veľká jaskyňa)
Oblúková jaskyňa (Tunel, JP-11)
Okrajová diera
Paleokanál 1
Paleokanál 2
Priepasť pri lúka Gazka (JP-21, Pracovná priepasť)
Prievanová plazivka
Prievanová úžina
Prvá jaskyňa
Sonda nad Vyšnými lúkami
Studená studňa (JP-32, Hideg kút)
Suchá studňa (JP-99)
Tomášova diera (Tamás-lyuk, JP-52)
Tunelová jaskyňa pri Helene
Vyšná Hámorka
Zabudovaná jaskyňa v dome (JP-45, Priepasťová jaskyňa v dome)
Zaniknutá priepasť v lome (JP-17, Priepasťová jaskyňa v kameňolome)
Zlomová jaskyňa
Zrútená jaskyňa
Podcelok Toryská pahorkatina
Jaskyňa v kameňolome pod Skalkou
Puklinová jaskyňa pod Skalkou