V geomorfologickom celku Podtatranská kotlina sa nachádza celkom 80 jaskýň (údaj k 31.12.2017). Z toho v podcelku Liptovská kotlina je to 74 jaskýň (v časti Liptovské nivy 2, v časti Chočské predhorie 37, v časti Smrečianska pahorkatina 4, v časti Hybianska pahorkatina 27 a v časti Ľubeľská pahorkatina 4 jaskyne), v podcelku Popradská kotlina je to 1 jaskyňa a v podcelku Tatranské podhorie je to 5 jaskýň.
Podcelok Liptovská kotlina
Časť Liptovské nivy
Jaskyňa v záreze železničky
Kaverna pri Kráľovej Lehote (Kaverna pod vysielačom)
Časť Chočské podhorie
Camberova sonda
Čiapka (TJL 1)
Dolná stromová jaskyňa v Lúčanskom lome
Horná stromová jaskyňa v Lúčanskom lome
Jaskyňa jednej hrče
Jaskyňa nad Dvojkou
Jaskyňa nad Likavkou
Jaskyňa nad Martinčekom (Jaskyňa pod lohyňou)
Jaskyňa nad Vodnou
Jaskyňa P1
Jaskyňa pri Dvojke
Jaskyňa P2
Jaskyňa P3
Jaskyňa v kameňolome č.3
Jaskyňa v kameňolome č.7
Jaskyňa v kameňolome č.8
Jaskyňa v Liskovskom kameňolome 1 (Jaskyňa č.1)
Jaskyňa v Liskovskom kameňolome 2 (Jaskyňa č.2, Dvojka)
Jaskyňa v Lúčanskom vodopáde
Jaskyňa v Martinčeku (Jaskyňa v základoch domu)
Jaskyňa v Mníchu (Jaskyňa zdochlín, Jaskyňa pri kameňolome)
Johanov potok
Kavčia jaskyňa
Krátka jaskyňa
Lámačka
Lisková 3 (L-3)
Lisková 4 (L-4)
Liskovská jaskyňa-Lisková 1 a 2
Malá jaskyňa v Lúčanskom vodopáde
Malá stromová jaskyňa v Lúčanskom lome
Ostrá skala
Priepasť nad Železnicou
Studňa pod Drienkom
Studňa v Záskalí
Travertínová jaskyňa
Vodná jaskyňa
Zabudnutá jaskyňa v lome
Časť Smrečianska pahorkatina
Celiny
Dielnice
Diera v Oslivenčí
Líščia diera v Palieskach
Časť Hybianska pahorkatina
Borsučia jaskyňa 1 (Jazvečia jaskyňa nad sútokom Bieleho a Čierneho Váhu 1)
Borsučia jaskyňa 2 (Jazvečia jaskyňa nad sútokom Bieleho a Čierneho Váhu 2)
Hadia jaskyňa
Hybská jaskyňa
Jaskyňa na Belanskom
Jaskyňa na Vyšnom Belanskom (Puklinová jaskyňa)
Jaskyňa somar
Jaskyňa v kameňolome na plošine
Jaskyňa v Priepadlách
Jaskyňa v tiesňave (Puklinová jaskyňa v tiesňave)
Jaskyňa vo Vápenici nad motelom
Líščia diera v kameňolome
Malá jaskyňa v Priepadlách
Malá jaskyňa v tiesňave Hybice (Jaskyňa na konci tiesňavy Hybice)
Pálenica (Jaskyňa na Skalke)
Ponor pod Kriváňom č.1
Ponor pod Kriváňom č.2
Ponor pod Kriváňom č.3
Ponorová jaskyňa
Prepadnutý závrt na Suchom
Šoldovo
Tunelová jaskyňa v kaňone Hybice
Visutá jaskyňa (Jaskyňa na Laze)
Vykopaný závrt
Vyvieračka pod Hrubým Grúňom-južná
Vyvieračka pod Hrubým Grúňom-severná (Vývierky pod Grúňom)
Závrt na Suchom
Časť Ľubeľská pahorkatina
Cyklistická jaskyňa
Čereňa (Priepasťová jaskyňa Čereňa)
Čertovica
Jaskyňa v Porubskom kameňolome
Podcelok Podtatranská kotlina
Zbojnícka diera (Zbojnícka džura)
Podcelok Tatranské podhorie
Jaskyňa v Suchom Hrádku I
Jaskyňa v Suchom Hrádku II
Jaskyňa v Suchom Hrádku III
Jaskyňa v Suchom Hrádku IV
Ponor pod Tromi studničkami