Na území okresu Spišská Nová Ves sa nachádzajú 3 národné prírodné rezervácie, 3 prírodné rezervácie, 3 národné prírodné pamiatky, 7 prírodných pamiatok a 1 chránený areál. Biela jaskyňa Červené skaly Čintky Dreveník Farská skala Galmuská tisina Hutianske Knola Markušovská transgresia paleogénu Markušovské steny Medvedia jaskyňa Muráň Ostrá hora Pralesy Slovenska – Domková Spišský hradný vrch Šarkanova diera Travertínová kopa Sobotisko
Na území okresu Sobrance sa nachádza 1 národná prírodná rezervácia, 9 prírodných rezervácií a 1 prírodná pamiatka. Beňatinský travertín Drieň Lysá Lysák Machnatý vrch Pralesy Slovenska – Beňatinský les Pralesy Slovenska – Berdo Pralesy Slovenska – Diel Pralesy Slovenska – Fedkov Senianske rybníky Vihorlatský prales
Na území okresu Rožňava sa nachádza 9 národných prírodných rezervácií, 5 prírodných rezervácií, 15 národných prírodných pamiatok, 10 prírodných pamiatok a 1 chránený areál. Ardovská jaskyňa Brázda Brzotínske skaly Diviačia priepasť Dobšinská ľadová jaskyňa Domica Domické škrapy Drieňovec Gerlašské skaly Gombasecká jaskyňa Havrania skala Hnilecká jelšina Hrušovská jaskyňa Hrušovská lesostep Hutnianska jaskyňa Jaskyňa v Havranej skale Jovické rašelinisko Kečovské škrapy Kráľova studňa Krásnohorská jaskyňa Malá Pivnica Meliatsky profil Milada Obrovská priepasť Ochtinská aragonitová jaskyňa Oltár Peško Pod Fabiankou Pod Strážnym hrebeňom Prielom Muráňa Silická ľadnica Slaná Snežná diera Sokolia skala Stratenská jaskyňa Veľká Pivnica Zádielska tiesňava Zelená jaskyňa Zemné hradisko Zvonivá...
Na území okresu Michalovce sa nachádzajú 3 národné prírodné rezervácie, 11 prírodných rezervácií a 4 chránené areály. Bešiansky polder Bisce Chlmecká skalka Jovsianska hrabina Kopčianske slanisko Oborínske jamy Oborínsky luh Oľchov Ortov Raškovský luh Senianske rybníky Slavkovské slanisko Stretavka Vihorlatský prales Vinianska stráň Viniansky hradný vrch Zatínsky luh Zemplínska šírava
Na území okresu Košice-okolie sa nachádza 11 národných prírodných rezervácií, 9 prírodných rezervácií, 5 národných prírodných pamiatok, 4 prírodné pamiatky a 2 chránené areály. Bokšov Bujanovská dubina Drienovská jaskyňa Hatinská jaskyňa Havrania skala Herliansky gejzír Humenec Jasovská jaskyňa Jasovské dubiny Kloptaň Krčmárka Kunia priepasť Kysacká jaskyňa Malá Izra Malé brdo Malý Milič Miličská skala Nižnočajská pieskovňa Palanta Perínske rybníky Rankovské skaly Sivec Skalistý potok Slanský hradný vrch Trstinové jazero Turniansky hradný vrch Veľký Milič Vozárska Vysoký vrch Zádielska tiesňava Zemné hradisko
Na území okresu Košice I sa nachádza 1 prírodná rezervácia, 1 prírodná pamiatka a 1 chránený areál. Kavečianska stráň Košická botanická záhrada Vysoký vrch
