Na území okresu Rožňava sa nachádza 22 území európskeho významu. Alúvium Muráňa (SKUEV0285) Alúvium Muráňa (SKUEV2285) Brzotínske skaly (SKUEV0350) Bubeník (SKUEV0922) Český závrt (SKUEV0340) Dolný vrch (SKUEV0341) Domické škrapy (SKUEV0347) Drieňovec (SKUEV0342) Fabiánka (SKUEV0355) Horný vrch (SKUEV0356) Hrušovská lesostep (SKUEV0352) Kečovské škrapy (SKUEV0345) Meliatsky profil (SKUEV0921) Plešivská planina (SKUEV0353) Plešivské stráne (SKUEV0343) Pod Strážnym hrebeňom (SKUEV0346) Slaná (SKUEV0398) Slovenský raj (SKUEV0112) Slovenský raj (SKUEV2112) Sokolia skala (SKUEV0920) Stolica (SKUEV0203) Volovské bučiny (SKUEV0918)
Na území okresu Michalovce sa nachádza 16 území európskeho významu. Bešiansky polder (SKUEV0012) Bisce (SKUEV0020) Čičarovský les (SKUEV0007) Čičarovský les (SKUEV1007) Dolný tok Laborca (SKUEV0844) Dolný tok Ondavy (SKUEV0843) Kopčianske slanisko (SKUEV0004) Latorica (SKUEV0006) Oborínske jamy (SKUEV0038) Oborínsky les (SKUEV0037) Pozdišovský chrbát (SKUEV0847) Raškovský luh (SKUEV0026) Senianske rybníky (SKUEV0208) Stretavka (SKUEV0235) Vinianska stráň (SKUEV0966) Viniansky hradný vrch (SKUEV0965)
Na území okresu Košice-okolie sa nachádza 14 území európskeho významu. Čierna Moldava (SKUEV0348) Dlhý vrch (SKUEV0917) Haništiansky les (SKUEV0935) Hornádske lúky (SKUEV0940) Hornádske meandre (SKUEV0944) Horný vrch (SKUEV0356) Jasovské dubiny (SKUEV0349) Kloptaň (SKUEV0919) Milič (SKUEV0327) Palanta (SKUEV0737) Strahuľka (SKUEV0326) Stredné Pohornádie (SKUEV0328) Stredný tok Bodvy (SKUEV0954) Trebejovské skaly (SKUEV0941)
Na území okresu Košice I sa nachádza 1 územie európskeho významu. Stredné Pohornádie (SKUEV0328)
Na území okresu Gelnica sa nachádza 9 území európskeho významu. Aboď (SKUEV0925) Folkmarská skala (SKUEV0351) Helcmanovská bučina (SKUEV0929) Hnilecké rašeliniská (SKUEV0354) Kloptaň (SKUEV0919) Prostredná dolina (SKUEV0926) Starovodské jedliny (SKUEV0344) Stredný tok Hornádu (SKUEV0928) Zbojnícka dolina (SKUEV0924)
Na území okresu Trebišov sa nachádza 5 národných prírodných rezervácií, 12 prírodných rezervácií a 2 chránené areály. Bačkovská dolina Biele jazero Bisce Boľské rašelinisko Boršiansky les Botiansky luh Dlhé Tice Horešské lúky Kašvár Krátke Tice Latorický luh Oborínsky luh Poniklecová lúčka Tajba Tarbucka Veľké jazero Veľký kopec Zatínsky luh Zemplínska jelšina
