Územie okresu Rožňava zasahujú 2 národné parky a 4 chránené vtáčie územia. NP Slovenský kras NP Slovenský raj CHVÚ Muránska planina-Stolica CHVÚ Slovenský kras CHVÚ Slovenský raj CHVÚ Volovské vrchy
Na území okresu Rožňava sa nachádza 22 území európskeho významu. Alúvium Muráňa (SKUEV0285) Alúvium Muráňa (SKUEV2285) Brzotínske skaly (SKUEV0350) Bubeník (SKUEV0922) Český závrt (SKUEV0340) Dolný vrch (SKUEV0341) Domické škrapy (SKUEV0347) Drieňovec (SKUEV0342) Fabiánka (SKUEV0355) Horný vrch (SKUEV0356) Hrušovská lesostep (SKUEV0352) Kečovské škrapy (SKUEV0345) Meliatsky profil (SKUEV0921) Plešivská planina (SKUEV0353) Plešivské stráne (SKUEV0343) Pod Strážnym hrebeňom (SKUEV0346) Slaná (SKUEV0398) Slovenský raj (SKUEV0112) Slovenský raj (SKUEV2112) Sokolia skala (SKUEV0920) Stolica (SKUEV0203) Volovské bučiny (SKUEV0918)
Na území okresu Rožňava sa nachádza 9 národných prírodných rezervácií, 5 prírodných rezervácií, 15 národných prírodných pamiatok, 10 prírodných pamiatok a 1 chránený areál. Ardovská jaskyňa Brázda Brzotínske skaly Diviačia priepasť Dobšinská ľadová jaskyňa Domica Domické škrapy Drieňovec Gerlašské skaly Gombasecká jaskyňa Havrania skala Hnilecká jelšina Hrušovská jaskyňa Hrušovská lesostep Hutnianska jaskyňa Jaskyňa v Havranej skale Jovické rašelinisko Kečovské škrapy Kráľova studňa Krásnohorská jaskyňa Malá Pivnica Meliatsky profil Milada Obrovská priepasť Ochtinská aragonitová jaskyňa Oltár Peško Pod Fabiankou Pod Strážnym hrebeňom Prielom Muráňa Silická ľadnica Slaná Snežná diera Sokolia skala Stratenská jaskyňa Veľká Pivnica Zádielska tiesňava Zelená jaskyňa Zemné hradisko Zvonivá...
Za chránené stromy boli vyhlásené v roku 1996. Je to 8 exemplárov lipy malolistej s výškou 22-36m, obvodom kmeňa 190-370cm, priemerom koruny 7-16m a vekom viac ako 200 rokov. Sú chránené z vedecko-výskumných, náučných, estetických, kultúrno-historických a rekreačných dôvodov. Nachádzajú sa v obci Štítnik pri južnom oplotení cintorína.
Za chránený strom bola vyhlásená v roku 1989 a 1996. Lipa veľkolistá s výškou 20m, obvodom kmeňa 362cm, priemerom koruny 17m a vekom viac ako 150 rokov. Je chránená z vedecko-výskumných, náučných, estetických, kultúrno-historických, rekreačných a krajinárskych dôvodov. Nachádza sa v obci Stratená v záhrade domu č.88.
Za chránený strom bola vyhlásená v roku 1989 a 1996. Lipa malolistá s výškou 18m, obvodom kmeňa 225cm, priemerom koruny 12m a vekom viac ako 150 rokov. Je chránená z vedecko-výskumných, náučných, estetických, kultúrno-historických, rekreačných a krajinárskych dôvodov. Nachádza sa v obci Silica vo vnútri oplotenia objektu kostola reformovanej cirkvi.