Územie okresu Malacky zasahujú 2 chránené krajinné oblasti a 2 chránené vtáčie územia. CHKO Malé Karpaty CHKO Záhorie CHVÚ Malé Karpaty CHVÚ Záhorské pomoravie
Na území okresu Malacky sa nachádza 38 území európskeho významu. Abrod (SKUEV0177) Bencov mlyn (SKUEV0513) Bezodné (SKUEV0167) Bežnisko (SKUEV0172) Biele hory (SKUEV0267) Biele hory (SKUEV1267) Bogdalický vrch (SKUEV0124) Ciglát (SKUEV0166) Devínske jazero (SKUEV0313) Dúbrava (SKUEV0123) Gajarské alúvium Moravy (SKUEV0125) Gajarské alúvium Moravy (SKUEV1125) Homoľské Karpaty (SKUEV0104) Horný les (SKUEV0168) Jakubovské rybníky (SKUEV0116) Kaltenbruk (SKUEV0908) Kotlina (SKUEV0173) Kotlina (SKUEV1173) Kuchynská hornatina (SKUEV0276) Kuchynská hornatina (SKUEV1276) Malina (SKUEV0219) Marhecké rybníky (SKUEV0121) Mešterova lúka (SKUEV0170) Močiarka (SKUEV0218) Mokrý les (SKUEV0512) Morava (SKUEV0314) Ondriašov potok (SKUEV0217) Orlovské vŕšky (SKUEV0169) Peterklin (SKUEV0907) Rozporec (SKUEV0317) Rudava (SKUEV0163) Suchohradské alúvium Moravy (SKUEV0161) Široká (SKUEV0119) Šmolzie (SKUEV0177) Šranecké piesky...
Na území okresu Malacky sa nachádza 5 národných prírodných rezervácií, 9 prírodných rezervácií, 2 prírodné pamiatky a 7 chránených areálov. Abrod Bezodné Bežnisko Bogdalický vrch Bukovina Deravá skala Devínske jazero Horný les Jazerinky Klokoč Kršlenica Marhecké rybníky Mešterova lúka Nové pole Orlovské vŕšky Pod Pajštúnom Pohanská Roštún Strmina Široká Šmolzie Šranecké piesky Vysoká
Národná kultúrna pamiatka vyhlásená v roku 1963. Renesančná zvonica z veže starého kostola (z roku 1561) zo 17.storočia stojí v strede obce. Upravovaná bola v 19.storočí. Má štvorcový pôdorys a výšku dvoch podlaží.
Národná kultúrna pamiatka vyhlásená v roku 2005. Súbor kamenných náhrobníkov I-XIV sa nachádza v areáli obecného úradu na ulici Štefánikova. Súbor kamenných náhrobníkov XV-XIX sa nachádza v Habánskom dvore pri dome č.69 v záhrade habánskej kaplnky v Pamiatkovej rezervácii ľudového staviteľstva. Náhrobníky XV-XIX boli za pamiatkové objekty vyhlásené v roku 2009. NKP tvoria viaceré pamiatkové objekty: Náhrobník I. Náhrobník vysoký 85cm z roku 1730 s nápisom „1730“. Náhrobník II. Náhrobník vysoký 85cm z roku 1732 s nápisom “ KARV 1732 Sen 1 6 febre“. Náhrobník III. Náhrobník vysoký 75cm z roku 1733 s nápisom „I G 1733“. Náhrobník IV. Náhrobník vysoký 72cm z roku 1736 s...
Národná kultúrna pamiatka vyhlásená v roku 1995. Eklekticistický strážny domček z 2.polovice 19.storočia stojí ako solitér pri kaštieli na ulici Marcheggská 4. Má pôdorys nepravidelného štvorca, dvojtraktovú dispozíciu, je jednopodlažný s podkrovím a pivnicou.