Územie okresu Prešov zasahujú 3 chránené vtáčie územia. CHVÚ Čergov CHVÚ Slanské vrchy CHVÚ Volovské vrchy
Na území okresu Prešov sa nachádza 12 území európskeho významu. Čergov (SKUEV0332) Demjatské kopce (SKUEV0323) Dubnícke bane (SKUEV0401) Dunitová skalka (SKUEV0330) Fintické svahy (SKUEV0322) Gýmešský jarok (SKUEV0934) Hornádske lúky (SKUEV0940) Kamenná Baba (SKUEV0207) Pusté pole (SKUEV0390) Salvátorské lúky (SKUEV0321) Šimonka (SKUEV0932) Šindliar (SKUEV0320)
Na území okresu Prešov sa nachádza 6 národných prírodných rezervácií, 10 prírodných rezervácií, 4 prírodné pamiatky, 1 chránený areál a 1 obecné chránené územie. Čergovská javorina Demjatské kopce Dubnícke bane Dubová hora Dunitová skalka Fintické svahy Gýmešský jarok Hrabovské zlepence Kamenná Baba Kapušiansky hradný vrch Kokošovská dubina Komín Mirkovská kosatcová lúka Obecné chránené územie Mesta Veľký Šariš Podmorský zosuv Pusté pole Salvátorské lúky Šarišský hradný vrch Šimonka Šindliar Zbojnícky zámok Zlá diera
Za chránený strom bol vyhlásený v roku 1994 a 1997. Platan západný s výškou 32m, obvodom kmeňa 780cm, priemerom koruny 31m a vekom viac ako 150 rokov. Ako introdukovaná drevina dosiahol v našich podmienkach svoje biotické funkčné rozmery. Tvarom a dimenziami je jedným z najkrajších platanov východného Slovenska. Je chránený z vedecko-výskumných, kultúrnych a ekologických dôvodov. Nachádza sa v Prešove v záhrade na rohu ulíc Požiarnická a Švermova 23.
Za chránený strom bol vyhlásený v roku 1989 a 1997. Dub letný s výškou 24m, obvodom kmeňa 575cm, priemerom koruny 15m a vekom viac ako 350 rokov. Je chránený z estetických, vedeckých, kultúrnych a historických dôvodov. Nachádza sa v obci Čelovce v ovocnom sade.
Národná kultúrna pamiatka vyhlásená v roku 1984. Železničný tunel z roku 1943. Nachádza sa v lokalite Pod Petičom.