Územie okresu Spišská Nová Ves zasahuje 1 národný park a 2 chránené vtáčie územia. NP Slovenský raj CHVÚ Slovenský raj CHVÚ Volovské vrchy
Na území okresu Spišská Nová Ves sa nachádza 11 území európskeho významu. Galmus (SKUEV0287) Havrania dolina (SKUEV0785) Hornádske vápence (SKUEV0286) Horný tok Hornádu (SKUEV0290) Mašianske sysľovisko (SKUEV0784) Muráň (SKUEV0106) Slovenský raj (SKUEV0112) Spišskopodhradské travertíny (SKUEV0105) Spišskopodhradské travertíny (SKUEV2105) Stredný tok Hornádu (SKUEV0928) Svätojánsky potok (SKUEV0291)
Na území okresu Spišská Nová Ves sa nachádzajú 3 národné prírodné rezervácie, 3 prírodné rezervácie, 3 národné prírodné pamiatky, 7 prírodných pamiatok a 1 chránený areál. Biela jaskyňa Červené skaly Čintky Dreveník Farská skala Galmuská tisina Hutianske Knola Markušovská transgresia paleogénu Markušovské steny Medvedia jaskyňa Muráň Ostrá hora Pralesy Slovenska – Domková Spišský hradný vrch Šarkanova diera Travertínová kopa Sobotisko
Za chránený strom bol vyhlásený v roku 2008. Javor horský s výškou 22m, obvodom kmeňa 320cm, priemerom koruny 11m a vekom viac ako 200 rokov. Je chránený z ekologických, krajinotvorných a estetických dôvodov. Nachádza sa v Spišskej Novej Vsi.
Za chránené stromy boli vyhlásené v roku 1989 a 1996. V meste v areáli SPŠ sa nachádza lipa veľkolistá s výškou 26m, obvodom kmeňa 385cm, priemerom koruny 15m a vekom viac ako 200 rokov. V mestskej časti Ferčekovce rastie lipa malolistá s výškou 30m, obvodom kmeňa 710cm, priemerom koruny 28m a vekom viac ako 300 rokov. Je to najväčší strom svojho druhu na východnom Slovensku. Stromy sú dôležité z hľadiska biologického, estetického i životného prostredia. Sú chránené z vedecko-výskumného, osvetovo-výchovného, krajinárskeho a estetického dôvodu.
Za chránený strom bola vyhlásená v roku 1989 a 1996. Lipa malolistá s výškou 23m, obvodom kmeňa 510cm, priemerom koruny 19m a vekom viac ako 200 rokov. Je chránená z kultúrnych, krajinárskych, biologických a estetických dôvodov. Nachádza sa v obci Jamník.