Územie okresu Michalovce zasahujú 2 chránené krajinné oblasti a 4 chránené vtáčie územia. CHKO Latorica CHKO Vihorlat CHVÚ Medzibodrožie CHVÚ Ondavská rovina CHVÚ Senianske rybníky CHVÚ Vihorlatské vrchy
Na území okresu Michalovce sa nachádza 16 území európskeho významu. Bešiansky polder (SKUEV0012) Bisce (SKUEV0020) Čičarovský les (SKUEV0007) Čičarovský les (SKUEV1007) Dolný tok Laborca (SKUEV0844) Dolný tok Ondavy (SKUEV0843) Kopčianske slanisko (SKUEV0004) Latorica (SKUEV0006) Oborínske jamy (SKUEV0038) Oborínsky les (SKUEV0037) Pozdišovský chrbát (SKUEV0847) Raškovský luh (SKUEV0026) Senianske rybníky (SKUEV0208) Stretavka (SKUEV0235) Vinianska stráň (SKUEV0966) Viniansky hradný vrch (SKUEV0965)
Na území okresu Michalovce sa nachádzajú 3 národné prírodné rezervácie, 11 prírodných rezervácií a 4 chránené areály. Bešiansky polder Bisce Chlmecká skalka Jovsianska hrabina Kopčianske slanisko Oborínske jamy Oborínsky luh Oľchov Ortov Raškovský luh Senianske rybníky Slavkovské slanisko Stretavka Vihorlatský prales Vinianska stráň Viniansky hradný vrch Zatínsky luh Zemplínska šírava
Za chránený strom bol vyhlásený v roku 1996. Dub letný s výškou 25m, obvodom kmeňa 743cm, priemerom koruny 27m a vekom viac ako 500 rokov. Je chránený z kultúrno-historických, vedecko-výskumných, náučných, estetických, krajinárskych a rekreačných dôvodov. Nachádza sa v obci Rakovec nad Ondavou.
Za chránený strom bol vyhlásený v roku 1996. Dub letný s výškou 30m, obvodom kmeňa 676cm, priemerom koruny 28m a vekom viac ako 370 rokov. Je chránený z vedecko-výskumných, náučných, estetických, kultúrno-historických. Rekreačných a krajinárskych dôvodov. Nachádza sa v Michalovciach.
Za chránený strom bol vyhlásený v roku 1996. Platan javorolistý s výškou 22m, obvodom kmeňa 350cm, priemerom koruny 19m a vekom viac ako 200 rokov. Je chránený z kultúrno-historických, vedecko-výskumných, ekologických, náučných, krajinárskych a estetických dôvodov. Nachádza sa v obci Bracovce.