Na území okresu Snina sa nachádza 7 národných prírodných rezervácií, 20 prírodných rezervácií a 1 prírodná pamiatka. Bahno Borsučiny Borsukov vrch Bzaná Ďurova mláka Gazdoráň Grúnik Havešová Hlboké Hostovické lúky Iľovnica Jarabá skala Pľaša Pod Ruským Roztoky Rožok Ruské Rydošová Stinská Stinská slatina Stružnická dolina Stužica Šípková Udava Ulička Uličská Ostrá Veľký Bukovec Vihorlatský prales
Na území okresu Sabinov sa nachádzajú 2 národné prírodné rezervácie a 4 prírodné rezervácie. Bišar Bradlové pásmo Čergovský Minčol Hradová hora Valalská voda Vlčia
Na území okresu Prešov sa nachádza 6 národných prírodných rezervácií, 10 prírodných rezervácií, 4 prírodné pamiatky, 1 chránený areál a 1 obecné chránené územie. Čergovská javorina Demjatské kopce Dubnícke bane Dubová hora Dunitová skalka Fintické svahy Gýmešský jarok Hrabovské zlepence Kamenná Baba Kapušiansky hradný vrch Kokošovská dubina Komín Mirkovská kosatcová lúka Obecné chránené územie Mesta Veľký Šariš Podmorský zosuv Pusté pole Salvátorské lúky Šarišský hradný vrch Šimonka Šindliar Zbojnícky zámok Zlá diera
Na území okresu Poprad sa nachádza 22 národných prírodných rezervácií, 25 prírodných rezervácií, 4 národné prírodné pamiatky a 3 prírodné pamiatky. Baba Batizovská dolina Belianska jaskyňa Belianske Tatry Bielovodská dolina Blatá Bor Bôrik Brezina Brezové Briežky Čikovská Dolina Bielej vody Elektrárenská jaskyňa Fľak Furkotská dolina Gánovské travertíny Goliašová Grapa Hnilecká jelšina Hrádok nad Pavúčou dolinou Hranovnická dubina Hučivá diera Javorinka Javorová dolina Jedliny Jelšina Kôprová dolina Martalúzka Mengusovská dolina Mlynická dolina Mokriny Mraznica Pálenica Pastierske Pavlová Pod Črchľou Poš Pralesy Slovenska – Holičná Pramenište Primovské skaly Rašelinisko Skalka Skalnatá dolina Slavkovská dolina Studené doliny Surovec Štôlska dolina Švábovská stráň Tichá...
Na území okresu Medzilaborce sa nachádza 1 národná prírodná rezervácia, 4 prírodné rezervácie a 2 chránené areály. Beskyd Čertižnianske lúky Haburské rašelinisko Horný tok Výravy Jarčiská Laborec Palotská jedlina
Na území okresu Levoča sa nachádzajú 3 národné prírodné rezervácie, 2 prírodné rezervácie a 6 prírodných pamiatok. Dreveník Hájik Jazerec Na bani Ostrá hora Pažitské jazierko Podhorské Rajtopíky Sivá Brada Travertínová kopa Sobotisko Zlatá brázda
