Na území okresu Trnava sa nachádza 7 území európskeho významu. Biele hory (SKUEV0267) Biele hory (SKUEV1267) Bolerázske sysľovisko (SKUEV0948) Brezovské Karpaty (SKUEV0278) Brezovské Karpaty (SKUEV1278) Buková (SKUEV0268) Nad vinicami (SKUEV0277)
Na území okresu Skalica sa nachádza 6 území európskeho významu. Gbelský les (SKUEV0904) Havran (SKUEV0901) Holíčske alúvium Moravy (SKUEV0905) Skalické alúvium Moravy (SKUEV0315) Skalické alúvium Moravy (SKUEV2315) Veterník (SKUEV0902)
Na území okresu Senica sa nachádza 33 území európskeho významu. Bahno (SKUEV0115) Biele hory (SKUEV0267) Borské piesky (SKUEV0899) Brezovské Karpaty (SKUEV0278) Ciglát (SKUEV0166) Červený rybník (SKUEV0179) Dlhé lúky (SKUEV0113) Gachovec (SKUEV0527) Gajarské alúvium Moravy (SKUEV0125) Gajarské alúvium Moravy (SKUEV1125) Gbelský les (SKUEV0904) Grgás (SKUEV0162) Havran (SKUEV0901) Horný tok Myjavy (SKUEV0520) Jasenácke (SKUEV0120) Javorec (SKUEV0804) Kačenky (SKUEV0311) Kačenky (SKUEV1311) Kalaštovský bor (SKUEV0906) Kalaštovský potok (SKUEV0526) Kazarka (SKUEV0213) Kotlina (SKUEV0173) Kotlina (SKUEV1173) Kútsky les (SKUEV0165) Kútsky les (SKUEV2165) Kyseľová a Mníchova úboč (SKUEV0903) Lakšárska duna (SKUEV0523) Morava (SKUEV0314) Rudava (SKUEV0163) Šaštínsky potok (SKUEV0220) Uchánok (SKUEV0900) Vanišovec (SKUEV0226) Zelienka (SKUEV0171)
Na území okresu Piešťany sa nachádza 5 území európskeho významu. Brezovské Karpaty (SKUEV0278) Dubová (SKUEV0564) Chtelnické sysľovisko (SKUEV0853) Orlie skaly (SKUEV0506) Váh pri Hlohovci (SKUEV0852)
Na území okresu Hlohovec sa nachádzajú 3 územia európskeho významu. Dubník (SKUEV0074) Sedliská (SKUEV0175) Váh pri Hlohovci (SKUEV0852)
Na území okresu Galanta sa nachádzajú 2 územia európskeho významu. Dubník (SKUEV0074) Malý Dunaj (SKUEV0822)
