Územie okresu Bardejov zasahuje 1 chránené vtáčie územie. CHVÚ Čergov
Na území okresu Bardejov sa nachádza 8 území európskeho významu. Becherovská tisina (SKUEV0937) Čergov (SKUEV0332) Čergovský Minčol (SKUEV0331) Horný tok Tople (SKUEV0936) Livovská jelšina (SKUEV0943) Regetovské rašelinisko (SKUEV0755) Stebnícka Magura (SKUEV0754) Tvarožecké lúky (SKUEV0952)
Na území okresu Bardejov sa nachádza 5 národných prírodných rezervácií a 5 prírodných rezervácií. Becherovská tisina Čergovský Minčol Livovská jelšina Pod Beskydom Pralesy Slovenska – Busov Pramenisko Tople Regetovské rašelinisko Slatina pod Lieskovcom Stebnícka Magura Zborovský hradný vrch
Národná kultúrna pamiatka vyhlásená v roku 1997. Neskorobarokový kamenný most s Kaplnkou svätého Jána Nepomuckého z 2.polovice 18.storočia. Nachádza sa na ulici Bardejovská Zábava.
Národná kultúrna pamiatka vyhlásená v roku 1971. Drevená zvonica v štýle ľudového staviteľstva z 2.polovice 18.storočia. Stavba so štvorcovým pôdorysom sa nachádza pri kostole.
Národná kultúrna pamiatka vyhlásená v roku 1971. Drevená zvonica v štýle ľudového staviteľstva z 2.polovice 19.storočia. Dvojpodlažná stavba so štvorcovým pôdorysom.