Územie okresu Gelnica zasahuje 1 chránené vtáčie územie. CHVÚ Volovské vrchy
Na území okresu Gelnica sa nachádza 9 území európskeho významu. Aboď (SKUEV0925) Folkmarská skala (SKUEV0351) Helcmanovská bučina (SKUEV0929) Hnilecké rašeliniská (SKUEV0354) Kloptaň (SKUEV0919) Prostredná dolina (SKUEV0926) Starovodské jedliny (SKUEV0344) Stredný tok Hornádu (SKUEV0928) Zbojnícka dolina (SKUEV0924)
Na území okresu Gelnica sa nachádzajú 2 prírodné rezervácie a 2 prírodné pamiatky. Kloptaň Margecianska línia Polianske rašelinisko Závadské skalky
Za chránený strom boli vyhlásené v roku 1996. Päť exemplárov lipy malolistej s výškou 21-25m, obvodom kmeňa 241-337cm, priemerom koruny 10-14m a vekom viac ako 200 rokov. Chránené sú z vedeckých, krajinotvorných, historických a estetických dôvodov. Nachádzajú sa v obci Kojšov v areáli školy v prírode na pravom brehu potoka.
Za chránený strom bola vyhlásená v roku 1996. Lipa malolistá s výškou 26m, obvodom kmeňa 410cm, priemerom koruny 15m a vekom viac ako 200 rokov. Predstavuje významný biologický, estetický a historický prvok. Chránená je z vedeckých, krajinárskych a estetických dôvodov. Nachádza sa vedľa tolerančného kostola v Gelnici.
Národná kultúrna pamiatka vyhlásená v roku 1985. Železničný tunel bol vybudovaný v 70.rokoch 19.storočia. Nachádza sa v časti Rolova Huta.