Územie okresu Banská Štiavnica zasahuje 1 chránená krajinná oblasť. CHKO Štiavnické vrchy
Na území okresu Banská Štiavnica sa nachádza 8 území európskeho významu. Dolná Bukovina (SKUEV0015) Hodrušská hornatina (SKUEV0263) Sitno (SKUEV0216) Sitno (SKUEV2216) Skalka (SKUEV0266) Stará hora (SKUEV0259) Suť (SKUEV0265) Tlstý vrch (SKUEV0258)
Na území okresu Banská Štiavnica sa nachádza 1 národná prírodná rezervácia, 5 prírodných rezervácií, 1 prírodná pamiatka a 3 chránené areály. Arborétum Kysihýbeľ Banskoštiavnická botanická záhrada Gajdošovo Holík Jabloňovský Roháč Kamenný jarok Michalské rašelinisko Pralesy Slovenska – Balov grúň Sitno Žakýlske pleso
Za chránené stromy boli vyhlásené v roku 1979 a 1996. Šesť exemplárov smrekovca opadavého s výškou od 23 do 32m, obvodom kmeňa od 210 do 326cm, priemerom koruny od 8 do 18m a vekom viac ako 150 rokov. Ochrana nádhernej krajinnej dominanty s mohutným vzrastom a dobrým zdravotným stavom na hrebeni Vtáčnika. Chránené sú z vedeckého, krajinárskeho a estetického dôvodu. Nachádzajú sa na ľavej strane pri vstupe do obce Štiavnické Bane.
Za chránené stromy boli vyhlásené v roku 1992 a 1996. Jedna lipa malolistá s výškou 25m, obvodom kmeňa 610cm, priemerom koruny 15m a lipa veľkolistá s výškou 19m, obvodom kmeňa 510cm a priemerom koruny 9m. Oba stromy majú vek viac ako 200 rokov. Sú významným krajinotvorným a estetickým prvkom v prostredí v minulosti významnej baníckej osady. Chránené sú z kultúrneho, vedeckého, ekologického, krajinotvorného a estetického významu. Nachádzajú sa v obci Štiavnické Bane pri vchode do cintorína.
Za chránený strom bol vyhlásený v roku 1979 a 1996. Gaštan jedlý s výškou 15m, obvodom kmeňa 507cm, priemerom koruny 11m a vekom viac ako 300 rokov. Je to vzácne sa v tejto lokalite vyskytujúca sa drevina. Starý a vzácny pamätný strom je chránený z vedeckého, krajinárskeho a estetického dôvodu. Nachádza sa v obci Štiavnické Bane v záhrade pána Mikšíka.